Non è un museo tradizionale, ma un percorso storico che, dopo la visita all'esterno dell'abside maggiore, risalente al sec. X, porta all'interno della chiesa dove sono visibili gli scavi archeologici con la monumentale tomba di san Caprasio e i resti di due precedenti chiese dei secoli VIII e IX.
La grande sala capitolare del monastero è stata ritrovata e recuperata nel 2004 ed è sede di una raccolta museale dove sono esposti oggetti di vita quotidiana, reperti romani e medievali, monete lasciate dai pellegrini tra il X e il XIII secolo.
Un sorprendente racconto spirituale è scolpito nella pietra di artistici capitelli e sono i testimoni di ricche committenze e della straordinaria importanza spirituale dell'abbazia, fondata nell'anno 884 da Adalberto di Toscana.
All'esterno del complesso abbaziale sono in fase di recupero la torre campanaria e l'area del chiostro, che ospiterà un giardino con erbe e piante della farmacopea benedettina.